Kampus IAIN FATTAHUL MULUK ini memiliki 2 jurusan yaitu TARBIYAH DAN SYARIAH.
Kampus IAIN memiliki keindahan alam dan kesejukan suasana yang tersendiri karena kampus ini berada di atas gunung yang begitu indah dan sejuk bila di pandang oleh semua mata mahasiswa sehingga begitu banyak mahasiswa yang ingin kuliah di IAIN bukan hanya mahasiswa dari Jayapura tetapi hampir semua dari berbagai macam daerah yang ada di Indonesia.
kampus IAIN bukan hanya terkenal dengan keindahannya tetapi di lihat juga dari prestasi-presasi mahasiswa yang giat untuk belajar ilmu agama dan ilmu umum, mahaiswa memiliki giat belajar yang tinggi untuk bersaing dengan mahasiswa lainnya meskipun berbeda ras/suku tetapi mereka tetap untuk bersatu untuk meningkatkan semangat belajar mereka dan juga semangat para pengajar dan pembimbing untuk mengajar dan membina mahasiswa mereka untuk menjadi mahasiswa yang sarjana, tenaga para dosen untuk mengajar ilmu-ilmu agama untuk menjadikan mahasiswa yang memiliki akhlaq yang mulia dan mampu membina mahasiawa untuk menjadi sarjanawan yang berkarakter dan cerdas dalam dunia kampus dan di lingkungan masyarakat.
